朱成功时代由于戎马匆匆因此并没有建立一整套的内侍制度，而到了朱锦时代虽然设立了侍卫制度，但安平城内既有銮仪卫的亲随，又有郑克臧、郑克爽名下的护卫，更有数百名内侍和女官，再加上朱锦亲自掌握的内库及商船队，一切显得格外的纷杂无绪。正是鉴于这种杂乱的状态，郑克臧在剪除了冯锡范之后便决议彻底动个大手术，根据明廷内宫二十四衙门及清室内务府的体制对其做相应的调整。
二十四衙门是明代宦官体制，是宦官伺奉皇帝及其家族的机构，内设十二监，四司，一武两大机构更是绝不允许出现；内侍处设有掌印一人，提举一人、监督一人、文书、文字若干，其下又设各殿、院（苑）管理一人、供奉若干，不过无论是地位最高的掌印、提举还是地位最低的供奉都不授品级，更不准以太监相称，以做警示。
女官处是管理安平城内女官、侍女的单位，其设置基本保持了唐代以来宫廷女官的制度，只是由于安平城太小，女官数量有限才没有过多的分化，譬如尚服、尚寝、尚功的职权就直接移交给了内库房，而尚宫、宫正的职权则转移到郑克臧妻妾的手中，如此一来女官处所剩下的也只有尚仪、尚食的权责；女官处设总典一人、协典一人，另外设女史若干人具体管理各院（苑），普通女侍则以原名相称---郑克臧原来是想套用西方女官制度召集重臣女眷充任女史以上女官，但中国的习俗不同，召重臣女眷入宫显然会造成令郑克臧和臣下皆不安的传闻，所以只能招良家女入宫---鉴于东宁男多女少的局面，郑克臧规定在安平城服务三至五年后若不能或不愿升任女史的则一概放其出宫嫁人。
经理处是负责经营郑克臧私人产业的，其中既有继承自朱锦的王田、船队、商号、作坊也有郑克臧自己开办的琉球营、实验窑、童子军船场等产业，不过经理处除了赚钱以外还管花钱，内廷每年的开销、赏赐的预算、核算、拨付都由经理处来支度，另外参与放贷业务的利民库也拨到经理处的名下而不是内库房来管理；正是因为经理处基本上是一个商业机构，因此其中设总理一人、襄理二人、监理若干负责处内事务，其下各设管事、掌柜等，并设有巡查时时监管督管。
内库房主要管理安平城生活用品的保存有衣被库、瓷器库、织缎库、衣帽库、茶库、盐库、粮米库等几个库房，还管理一些安平城日常所需物品的采购，安平城的大厨房也是由内库房来掌管，此外还设有几个秘密的金库、银库，不过现在这些库房里还是空空荡荡的；内库房设总库监、总库丞、分库监、分
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